Хірургічне відділення Київського міського клінічного онкологічного центру було створено як відділення Київського міського онкологічного диспансеру згідно до наказу №36 Київського міського відділу охорони здоров’я від 08.05.1974 року.

В 1948-1949 роках стаціонарна допомога онкологічним хворим надавалась в онкохірургічному відділенні 1-ї Радянської лікарні  (60 ліжок) та онкологічному відділенні лікарні ім. Жовтневої революції (40 ліжок). В 1950 році  онкологічна служба міста була представлена  об’єднанням онкодиспансера в  складі відділення поліклініки, мережі 18 онкопунктів при районних поліклініках, онкохірургічного та онкоурологічного відділення. На базі згаданих стаціонарів функціонували відповідно онкохірургічна клініка Київського інституту  удосконалення лікарів та онкоурологічна клініка Київського рентген-радіологічного та  онкологічного інституту . Крім того, в розпорядження КМОД були виділенні ліжка в інші стаціонарах Києва.

В 1952 році Київський міський онкологічний диспансер було перенесено  на Георгієвський перевулок, 9. Хірургічне відділенння  було частиною онкологічного диспансеру з моменту його заснування. С 1974 року хірургічне відділення стало клінічною базою кафедри онкології Національного медичного університета ім. О.О. Богомольця.

В 1995 році відбулося реформування хірургічної служб із створенням відділення абдомінальної хірургії та хірургічного відділення.

В хірургічному відділенні проводиться хірургічне та комплексне лікування хворих на рак молочної залози, голови та шиї, злоякісних пухлин шкіри та м’яких тканин. В відділенні виконується весь спектр оперативних втручань. Пріоритетним напрямком являються органозберігаючі втручання. З 2003 року почався розвиток онкопластичних втручань при новоутвореннях молочної залози, голови та шиї, з 2004 – реконструктивно-відновлюючі.

Хірургічне відділення виконує функції мамологічного центру міста та центру з діагностики та лікування меланоми.

Відділення співпрацює з провідними клініками США, Німеччини, Італії.

На базі хірургічного відділення розгорнуто 60 ліжок. В складі відділення працює 6 лікарів, 19 середніх медичних сестер і 16 молодших медичних сестер.