Одним із важливих розділів діяльності КНП «Київський міський клінічний онкологічний центр» (КНП «КМКОЦ») є організаційно-методична робота, яку забезпечують співробітники організаційно-методичного відділу.
Очолювали організаційно-методичний відділ до 1990 року К.І.Назаренко та Н.Д.Прокопенко, в подальшому відділом керували 1990-1993рр. О.Т.Олексієнко, 1993-1994рр. В.С.Фролов, 1994-1995рр. Т.С.Завадська, з 01.03.1995 року і до 1.06.2016 року посаду заступника головного лікаря з організаційно-методичної роботи обіймав Олександр Володимирович Войтко. В червні 2016 року Войтко О.В. був переведений на посаду заступника головного лікаря з питань експертизи якості медичної допомоги, і організаційно-методичний відділ очолила Ратова Валентина Валеріївна.
З 1990 року до теперішнього часу організаційно-методичний відділ проводить роботу по підготовці, впровадженню, підтриманню працездатності системи канцер-реєстрів та інтеграції її в інші інформаційні системи.
Робота канцер-реєстру м. Києва побудована згідно з наказом №208 МОЗ України від 30.12.92. "Про заходи подальшого покращання і розвитку онкологічної допомоги населенню" та виконуючи вимоги директивних документів (Наказ №10 МОЗ України від 22.01.96. "Про створення національного канцер-реєстру"). Також в КНП «КМКОЦ» вперше була прийнята така організація роботи, при якій з електронною інформацією та з інформацією на паперових носіях працюють одні і ті самі співробітники кабінету медичної статистики, який очолює Шуригіна Оксана Василівна.
В 1996 році були успішно розроблені та впроваджені у повсякденну діяльність КНП «КМКОЦ» дві тісно взаємопов’язані системи «Лікарняного» та «Популяційного» канцер-реєстрів, кожна з яких виконує свої функції та доповнює одна другу. Популяційний канцер-реєстр представляє базу даних про більш ніж 160 тис. онкологічних хворих м. Києва, незалежно від місця встановлення діагнозу чи проведеного лікування, а лікарняний канцер-реєстр - це база даних про більш ніж як 100 тис. онкологічних хворих, пролікованих в КНП «КМКОЦ», яка у повній мірі відображає історію лікування кожного пацієнта.